上場株式等の譲渡益は、原則、確定申告が必要です。
特定口座で源泉徴収ありを選択していると、金融機関が売買損益を計算して譲渡益に対する税額を源泉徴収して納めてくれるため、基本的には確定申告を行う必要はありません。
条件によっては、確定申告を行った方が得になる場合がありますので、必ずしも確定申告を行う必要はないということではありません。
年間の譲渡損益の合計がマイナスの場合で損失を翌年以後三年間にわたって譲渡所得などから控除する場合は、確定申告が必要です。
また複数の金融機関で売却して損益通算する場合にも、確定申告が必要です。
復興特別所得税とは、東日本大震災からの復興財源を確保するため、2013年から2037年まで（25年間）の各年分の所得税の額に2.1%を乗じた金額が、追加的に課税されるものです。
2009年1月1日以降、上場株式等の配当金（確定申告をし、申告分離課税を選択したものに限る）と上場株式等の譲渡損失との損益通算をすることができるようになりました。
上場株式等譲渡損失には配当金を受け取った年の譲渡損失のほか、その年の前年以前3年間の各年に生じた上場株式等の譲渡損失の繰越控除額も含まれます。
2010年1月1日以降は、特定口座（源泉徴収あり）口座にて上場株式等の配当金を受入れることで、その年の特定口座内で生じた譲渡損失との損益通算が可能となりました。
（株式の配当金を特定口座へ受入れるためには、配当金を「株式数比例配分方式」で受け取る必要があります。）
なお、特定口座内での損益通算はその年の年末に行われます。
